대한불교조계종 제6교구 본사 마곡사의 말사이다. 887년(진성여왕 1)에 도선이 석가암이라는 이름으로 창건하였다. 고려시대에 지눌이 중창하면서 절 이름을 석암이라 바꾸었다고 전해지지만 지눌의 활동 연대와 맞지 않아 신빙성이 없다. 조선시대에는 1419년(세종 1)에 함허가 중창하였으며, 산 이름을 봉수산이라 하였다.

1584년(선조 17) 3월 화암이 중수하여 봉서암으로 고쳐 불렀는데, 임진왜란 때 불에 타 폐사되었다. 그뒤 1646년(인조 24)에 중창하였으며, 1794년(정조 18) 경헌과 각준이 중수하고 지금의 이름인 봉곡사로 고쳤다. 1825년(순조 25)에는 요사를 중수하고 2층 누각을 신축하였으며, 1872년(고종 9) 서봉이 요사를 증축하였다. 1891년 다시 서봉이 법당을 중수하였으며, 1931년에도 한 차례 중수하였다.

현재 대웅전, 향각전, 삼성각, 요사 등의 건물이 있으며, 대웅전과 그 옆에 있는 고방(庫房)이 함께 충청남도문화재자료 제323호로 지정되어 있고 대웅전 지장탱화는 충청남도문화재자료 제242호로 지정되어 있다.