대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사의 말사이다. 885년(헌강왕 11)에 조구가 창건했는데, 당시 절 앞산에서 캐낸 금으로 불상을 만들어 절 이름을 보석사라 했다고 한다. 1592년(선조 25) 임진왜란 때 불에 탄 것을 명성황후가 중창하여 원당으로 삼았다. 일제강점기에는 31본산의 하나로서 전라북도 일원의 33개 말사를 통괄했다.

문화재로는 보석사 대웅전(충남유형문화재 143)과 절 입구의 금산 보석사의 은행나무(천연기념물 365)가 있는데, 이 은행나무는 나라에 큰일이 있을 때마다 울음소리를 내는 영험을 지닌 것으로 유명하다.